Come anche al primo turno, domenica 23 giugno (primo giorno di votazioni per il ballottaggio) non sono mancate tensioni ai seggi, in particolare a Perugia. I rappresentanti di Margherita Scoccia hanno segnalato la presenza ai seggi di alcuni esponenti pro Vittoria Ferdinandi con dei badge in cui era indicato il nome della loro candidata. In alcuni casi sono stati cancellati con strisce di nastro isolante. Sono stati anche fatti rimuovere, con l'intervento delle forze dell'ordine, almeno due striscioni con su scritto Vittoria sindaca, perché troppo vicini (meno di 200 metri) ai seggi. Uno a Borgo XX Giugno, sezione elettorale in cui votano sia Ferdinandi che Scoccia, e uno a Lacugnano. Dai supporter di Ferdinandi invece è stata segnalata la lettera di un legale che ha evidenziato come in una chiesa durante la celebrazione della messa il parroco avrebbe invitato "a votare a sostegno delle forze politiche che si oppongono a fantomatiche teorie gender o aborto", è scritto nella missiva - firmata - veicolata alla stampa. Alcuni fedeli avrebbero contestato pubblicamente il comportamento del prelato, "allontanandosi indignati".